In Puzzle League DS verschijnt er regelmatig een nieuwe lijn blokken onderaan je touchscreen. Het is de bedoeling dat je de stylus gebruikt om drie of meer van dezelfde blokken op één lijn te krijgen. Raak het blok aan dat je wilt verplaatsen en schuif het naar links of naar rechts. Als je drie of meer blokken op één lijn weet te krijgen, zullen ze van het touchscreen verdwijnen. De blokken die bovenop de verdwenen blokken lagen, zullen naar beneden vallen om de ontstane ruimte op te vullen.

Als de vallende blokken een nieuwe lijn van drie of meer blokken vormen, wordt dat een keten genoemd. Hoe meer ketens je maakt, hoe hoger je score.